Potom prebieha zálohovanie databánk a záloha sa uloží na pevný disk pod menom ktorý deň, či mesiac sme predtým určili. Nakoniec sa program opýta, na ktorý drive ( disketovú jednotku ) chceme vykonať zálohu. Ak nechceme vykonať zálohu na disketu, stlačíme Esc a ukončíme zálohovanie.

Ak budeme robiť zálohu na disketu, tak vložíme disketu a odpovieme podľa konfigurácie počítača a typu diskety. Podľa toho aký máme k dispozícii, a to buď "Drive A", alebo "Drive B". Ak presne nevieme, aký drive (disketovú jednotku ) máme použiť, tak skúsime jednu z možností a ak program oznámi, že disketová jednotka nie je pripravená, tak celý postup zálohovania zopakujeme pre druhý drive.
Ak celé zálohovanie prebehlo v poriadku, dostaneme takýto oznam :

Záloha je v poriadku! Vyberte a odložte disketu.

Ak budú pri zálohovaní nejaké problémy, alebo dostaneme iný oznam, skúsme nájsť chybu v nasledujúcom odseku.

Poznámka:
- To, že si vyberieme deň alebo mesiac zálohy, neznamená, že z dát v počítači si vyberieme údaje len za jeden deň. Vždy sa vyberú a zálohujú všetky údaje.
- Preto, ak si za sebou v rovnakom čase urobíme zálohu za Pondelok, za Utorok a za Marec, tak tieto tri zálohy sú úplne rovnaké a líšia sa len svojim menom.
- Rôzne pomenovanie slúži len na odlíšenie záloh, a ak robíme zálohy v iný deň s iným názvom, nedajú sa medzi sebou omylom zameniť.
- Každá záloha okrem svojho názvu obsahuje ešte aj dátum svojho zhotovenia, takže o zálohe, ktorú nepoznáme vieme zistiť kedy vznikla. To sa ale nedá zistiť v programe HERKULES. Musíme použiť iný program, alebo priamo operačný systém.

Možné problémy pri zálohovaní :

Pri zálohovaní sa môžeme stretnúť s týmito problémami :
1.) Ak na pevnom disku už existuje záloha za zvolený deň alebo mesiac, program sa opýta :

Väčšinou nám na zálohe, ktorá je už týždeň stará nezáleží, a preto ju prepíšeme najnovšou zálohou.
Je ale možné, že nejaká záloha, trebárs za mesiac, obsahuje údaje, ktoré si chceme uchovať a nemáme ju uloženú na diskete. V tom prípade musíme najprv zabezpečiť prekopírovanie starej zálohy na disketu a až potom ju môžeme prepísať.
Toto prekopírovanie nie je možné vykonať v programe HERKULES, a preto je potrebné použiť iný program alebo priamo operačný systém.

2.) Po vložení diskety do správneho drive (disketovej jednotky) nám počítač oznámi :

General failure reading drive A
Abort, Retry, Fail ?

Disketa je chybná - pokazená a nebude sa už pravdepodobne vôbec dať použiť. Musíme vložiť inú, dobrú disketu.

Write protect error writing drive A
Abort, Retry, Fail ?

Disketa je chránená proti zápisu. Ak skutočne chceme zapisovať na túto disketu, tak musíme odlepiť nálepku zakrývajúcu výrez pre 5"(veľkú) disketu. Pre 3.5"(malú) disketu je potrebné jeden z otvorov v rohu diskety prepínačom zakryť.

The disk may not be formatted

Ide o novú disketu, ktorú sme si kúpili, ale ešte nie je sformátovaná (nie je pripravená na prácu).
Túto disketu treba najprv sformátovať, a to buď v špeciálnom programe, alebo priamo v operačnom systéme napísaním do príkazového riadku :

C:\>format a: alebo C:\>format b:

podľa toho aký typ diskety máme.

Vo všetkých prípadoch dôjde k prerušeniu práce programu a na otázku operačného systému :

Abort, Retry, Fail ?